自2011年开始发放第三方支付牌照，至2015年共发放271张牌照。
但2016年10月央行以“总量控制、结构优化、提高质量、有序发展”的原则，停止第三方支付新机构申请牌照，一些业务存在安全隐患的支付机构也不再续期《支付业务许可证》。牌照一般有效期为5年，续期时如被认为不符合要求的机构牌照将被注销。目前持牌机构还剩下238家。
牌照“断供”以后，有意做三方支付的企业只能通过收购的方式取得准入资格，这也导致牌照收购费用翻倍增长。根据《互联网金融周刊》，2017年支付牌照根据其包含的互联网支付、银行卡收单等不同业务范围，价格为3-5亿元，2018年涨为6-8亿元。
实际支出的价格更多。此前，美团点评曾以13亿元收购了第三方支付公司钱袋宝，由此获得第三方支付牌照。据《互联网金融周刊》也称，今年3月一张有互联网支付、移动电话支付、固定电话支付、银行卡收单等业务范围、牌照期限至2021年的牌照叫价15亿元，外加1.5亿元中介费。
但这种趋势最近掉头往下。根据《证券日报》近日报道，第三方支付的牌照价格在半年内跌幅近50%。这跟最近几年接连出台的监管措施有关。
2014年开始，多家企业挪用客户储备，如上海畅购企业服务挪用客户备付金7.8亿元、5.14万人利益受损，造成了巨大损失。《新京报》曾报道，2017年两会期间，央行副行长范一飞曾称机构间备付金存被挪用情况严重，有拿来炒房、炒股票、甚至用于个人赌博。
客户备付金指的是消费者购物后付款、商品收到之前存在第三支付机构账户上的钱，因交易存在时间差而产生一定的利息，成为非银行机构继支付手续费、增值服务收入以外的主要收入，央视财经曾指出该业务收入占支付机构总收入的11%。根据央行数据显示，2018年第二季度支付共1230.14亿笔，金额达48.29万亿元，同比分别增长94.37%和53.35%。
2017年1月，央行印发通知，要求支付机构应将客户备付金按照一定比例(当时为20%)，交存至指定机构专用存款账户，且该账户资金不计付利息。2018年6月底，央行再次印发通知，要求非银行支付机构自今年7月9日起，按月逐步提高支付机构客户备付金集中交存比例，到2019年1月14日实现100%集中交存。
根据央行数据，支付机构交存人民银行的客户备付金存款，从2018年1月的1237.57亿元上升至9月的8749.99亿元。
与此同时，2018年3月央行宣布开放外资准入中国支付市场。5月央行收到英国支付公司WorldFirst支付许可证的申请，不过至今未查询到相关的进一步信息。另一方面，2017年8月中国清算机构要求第三方支付要在次年7月前全部接入网联，对第三方支付的支付手续费收入也有所影响。且2018年以来，央行加大了对第三方支付机构的监管，开出的罚单更多、罚金也更大了。
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